Марат Шайхутдинов 1959 жылы Ақмола облысында туған. 1982 жылы Қарағанды мемлекеттік университетін бітірген.
1984-1986 жылдары – Қазақстан Компартиясының Целиноград облысы Ерейментау аудандық комитетінің және Қазақстан Компартиясының Қарағанды қаласы Киров аудандық комитетінің нұсқаушысы.
1986-1990 жылдары – Қазақстан Компартиясының Қарағанды қалалық комитетінің нұсқаушысы, идеология бөлімінің меңгерушісі.
1990-1994 жылдары – Қазақстан Республикасы Ғылым академиясының Орталық Қазақстан бөлімшесі жанындағы орталықтың кіші ғылыми қызметкері, бөлім меңгерушісі, директоры.
1994-1997 жылдары – «Сары-Арқа» АӨК президенті.
1998-2000 жылдары – «Мирас» ЖАҚ президенті.
2000-2005 жылдары – Қазақстан-Ресей университетінің директоры.
2005-2006 жылдары – Қазақстан Республикасы Мемлекеттік хатшысы Хатшылығының бас инспекторы.
2006-2007 жылдары – Қазақстан Республикасы Президенті Әкімшілігінің Сыртқы саясат орталығы меңгерушісінің орынбасары.
2007-2009 жылдары – Қазақстан Республикасы Тұңғыш Президенті қорының жанындағы Әлемдік экономика және саясат институтының директоры.
2009 жылы – Қазақстан Республикасы Сыртқы істер министрлігі Сыртқы саяси талдау және болжау комитетінің төрағасы.
2009-2015 жылдары – Қазақстан Республикасы Қауіпсіздік Кеңесі Хатшысының орынбасары.
2015 жылғы маусымда Қазақстан Республикасы Қауіпсіздік Кеңесі Хатшысының бірінші орынбасары болып тағайындалды.
Марат Шайхутдинов 2009 жылы «Құрмет», 2014 жылы ІІ дәрежелі «Барыс» ордендерімен және екі медальмен марапатталған.
Тағы оқи отырыңыз: Бағдат Мусин Apple компаниясымен бірге қазақстандықтарды алаңдатқан мәселені шешті